Cuộc sống của Ayato Kamina, chàng sinh viên họa sĩ 17 tuổi, bỗng nhiên gián đoạn bởi một kẻ theo dõi bí ẩn. Những chiến đấu cơ xâm nhập thành phố và một cỗ máy lạ xuất hiện. Một cuộc hành trình nội tâm đi tìm chính mình, khám phá những bí ẩn xung quanh cô gái huyền bí Reika Mishima, sự thật về sự tồn tại của MU cũng chiến binh thiên thần RahXephon.
Liên đoàn điều tra Birdy đuổi theo không gian hình sự Geega qua không gian đến Trái Đất , nơi ông giấu trong ngành công nghiệp giải trí theo một giả dạng con người . Birdy đi Undercover mình , giả làm nổi tiếng mô hình ” Arita Shion ” mà thường sử dụng một ‘ không gian cô gái ‘ nhìn.
Vào giữa thế kỉ 21, động đất và ảnh hưởng của sự nóng lên toàn cầu đã phá hủy Nhật Bản. Đất nước này đã trở thành một khu rừng lớn nhất thế giới để hấp thụ CO2 do thứ thuế carbon cản trở sự phục hồi của nó. Một số người sống cuộc sống sung túc trong dự án thành phố Atlas, trong khi số còn lại ở bên ngoài với nền kinh tế lạc hậu. Trước sự bất công xã hội càng lúc gay gắt, Kuniko phải dẫn dắt người dân của cô ấy đến Atlas. Thế nhưng ẩn bên trong miền đất hứa Atlas này là gì.
Năm 1972, con người đã phát hiện ra một cổng dịch chuyển trên mặt trăng, nhờ đó đã có thể đi lại dễ dàng và phát triển một xã hội mới trên Sao Hỏa. Nhưng cũng từ đây chính là nguồn cơn tạo nên cuộc chiến tranh giữa hai hành tinh
Reiyan Asura, nếu đó là tên thật của anh ấy, thức tỉnh trong khoảng không, bị ràng buộc bởi xiềng xích. Anh ta không nhớ mình là ai hay làm thế nào anh ta đến được thế giới màu trắng này.