Anh chàng Hajime Nagumo 17 tuổi là một otaku bình thường như bao người otaku khác. Cuộc sống của cậu chỉ đơn thuần là thức nguyên đêm cày game và lên trường để ngủ. Thế nhưng cuộc sống ấy ngay lập tức bị đảo lộn hoàn toàn khi cậu và toàn bộ bạn cùng lớp của mình bị triệu hồi đến một thế giới kỳ ảo.
Những ai sở hữu được Shinrabanshou sẽ là Vua của Nabari, là người sẽ lập nên luật lệ mới cho Nabari. Cũng vì lẽ đó, cậu bé Rokujo Miharu rơi vào cảnh bị săn đuổi. Có người muốn lợi dụng Shinrabanshou trong người cậu, có người lại muốn bảo vệ cậu khỏi những kẻ săn đuổi và cả chính tri thức nguy hiểm đó. Đến với Nabari no Ou, bạn sẽ cảm nhận thế giới của ninja được ẩn sau sự tĩnh lặng của thế giới bình thường.
Xoay quanh việc các nhân vật nổi tiếng thời Chiến Quốc từ thế giới song song (nam/nữ đảo ngược) lạc đến thế giới của chúng ta. Các nhân vật này đều có giới tính khác với lịch sử, trông như là các nữ sinh trung học. Họ đã rất bỡ ngỡ với thế giới mới, thời đại mới này, và dần dần trở thành bạn trong cuộc phiêu lưu kì lạ này...
Shiba Miyukis classmate Kitayama Shizuku is on her way to study abroad. For magicians, this is normally impossible, since allowing the genes of someone who can use magic outside their home countrys borders is tantamount to giving up national secrets.
Trong năm 2059, trái đất đã bị người ngoài hành tinh xâm nhập trong nhiều năm. Trong một nỗ lực để tìm hiểu thêm về những người ngoài hành tinh này, Tiến sĩ Noguchi và các trợ lý Maki Agata và Takuto Kaneshiro cố gắng hồi sinh một người ngoài hành tinh cơ học lớn tên là Frank.