Một học viện trên hòn đảo mà không có con thuyền nào thèm qua lại. Ở đó, học sinh được đào tạo không ngừng nghỉ để chiến đấu chống lại kẻ thù cho nhân loại. Nhân vật chính, một học sinh mới được chuyển đến đó, cũng lên đường với ý định diệt trừ mọi kẻ thù cho nhân loại.
Miyako Arata là một viên chức vừa được phân công đến bộ phận “ Quan hệ khu vực ban đêm “ . Bộ phận này được thành lập khắp 23 quận của Tokyo, mục đích là để giảm thiểu những vụ việc liên quan đến hiện tượng dị thường, kỳ bí.
26 năm trước, ở một phòng học năm ba của một trường trung học, có tồn tại một học sinh mang tên Misaki. Với tư cách là một học sinh danh dự, vừa giỏi thể thao lại rất xinh xắn nên rất được bạn bè trong lớp mến mộ. Thế rồi sau cái chết bất ngờ của cô gái xấu số, bạn bè trong lớp quyết định cứ vờ như thể cô ấy vẫn còn hiện diện trong lớp cho đến tận lễ tốt nghiệp. Vào mùa xuân năm 1998, có một cậu bé tên là Sakakibara Kouichi được chuyển qua học đúng phòng học đó, cậu bé bắt đầu cảm thấy nghi ngờ
Câu chuyện diễn ra tại một trường trung học nào đó, nơi một số vụ giết người diễn ra. Kobayashi, một cậu bé đi đến trường, gặp thiên tài thám tử Akechi, ai đến trường để điều tra
Nashiko Jippensha, một nữ sinh trung học sống ở thành phố Onomichi, tỉnh Hiroshima, gặp rắc rối sau khi bị đuổi ra khỏi nhà. Cô nói: “Tôi không có nơi nào để đi chơi với bạn bè…”