Vào thời cổ đại, một nhóm thanh niên đã cống hiến cuộc đời mình để bảo vệ Athena, Nữ thần Trí tuệ và Chiến tranh. Những người đàn ông này có khả năng chiến đấu mà không cần vũ khí—chỉ một cú vung nắm đấm của họ cũng đủ mạnh để xé toạc bầu trời và làm tan nát mặt đất bên dưới họ.
The anime shows the wars events through the perspective of Biwa, a young girl who makes a living as a traveling musician. Though blind, Biwa is gifted with the ability to see the future. She meets Taira no Shigemori, one of the patriarchs of the powerful Taira family, and tells him about prophecy that may change the future of his clan.
N: Là chàng trai có thể nghe được giọng nói của pokemon, đi xuyên suốt vùng Isshu để tìm ra câu trả lời cho mối quan hệ giữa Pokemon và Con người. Anh ta gọi Pokemon là những người bạn. Ghetsis Harmonia: Thủ lĩnh đội tổ chức tà ác Plasma, âm mưu thâu tóm vùng Isshu, đang tìm kiếm N. Achroma: Nhà khoa học của đội Plasma, đang tiến hành cuộc thí nghiệm trên Pokemon để hoàn thành chiếc máy kiểm soát pokemon Đội Hỏa Tiễn: Tổ chức xấu xa với tham vọng xâm chiếm thế giới.Ở vùng Isshu thì họ đã tái
kể lại câu chuyện hoàn toàn mới được viết bởi chính Hideaki Sorachi, là bộ phim thứ hai của Gintama. Gintoki bị cuốn văng tới tương lai 5 năm sau. Nơi đó một dịch bệnh lạ hoành hành khiến đa số cư dân Trái Đất phải trốn ra vũ trụ, Gin đã chết khi một mình cố ngăn bệnh dịch.
câu chuyện diễn ra trên một hòn đảo, nơi một “Hệ thống Fractale” đang bắt đầu sụp đổ. Một ngày nọ, Clain tìm thấy một cô gái bị thương gọi là Phryne dưới một vách đá. Cô biến mất để lại một mặt dây chuyền. Clain đặt ra cho một cuộc hành trình với những cô gái có hình avatar Nessa để tìm Phryne và phát hiện ra bí mật của hệ thống Fractale.