Diễn ra vài năm sau Getter Robo Go, Trái đất giờ đây là một thế giới hậu tận thế. Hayato, hiện là một nhà khoa học lão thành, đã hoàn thành kiệt tác của Giáo sư Saotome, Getter Robo Arc. Lái nó là Takuma, con trai của Ryoma, con người-khủng long Kamui, và em trai của Tayel, Baku.
Câu chuyện xảy ra vào một tương lai xa xôi khi robot đã thống trị hành tinh và được cai trị bởi Braiking Boss. Một ngày nọ, Casshern, một robot dưới quyền Braiking nhận lệnh đi giết Luna, một robot được mệnh danh là "Mặt Trời mang tên Mặt Trăng". Từ đây, sau khi Luna chết đi, thế giới bắt đầu thay đổi, các robot trước kia vẫn bất tử bỗng lần lượt chết đi vì một căn bệnh kỳ lạ mang tên "Hủy Hoại", thế giới dần điêu tàn và tiến đến hủy diệt. Trong khi đó, Casshern biến mất
Thảm kịch "Bloody Valentine" đã leo thang thành một cuộc chiến giữa Liên Minh Trái Đất và ZAFT. Cuộc chiến ngày càng trở nên nghiêm trọng. Khiến rất nhiều sinh mạng phải hy sinh, họ đã đạt được thỏa thuận ngừng bắn sau cuộc chiến thứ hai ở Yakin Do. Tuy nhiên, thỏa thuận ngừng bắn đã không hoàn toàn khắc phục được xung đột giữa Naturals và Coordinators.Trong suốt cuộc chiến, Shinn Asuka đã tham gia vào Liên Minh Trái Đất để thâm nhập vào Orb. Trong lúc thoát khỏi đám cháy, cậu ta đã mất cha mẹ
Trong suốt cuộc nội chiến giữa hai miền Nam-Bắc, phe phương Bắc đông hơn đã sử dụng ma thuật đen để biến ra những chiến binh có sức mạnh kinh khủng được gọi là chiến binh thần thánh. Giờ đây, chiến tranh đã kết thúc, những người mang sức mạnh ấy vẫn mang hình dạng quái vật, họ phải cố hoà hợp với xã hội thời bình, nếu không thì họ sẽ bị giết dưới tay thợ săn quái vật.
Trong Khủng Hoảng Xianglong diễn ra vào năm 2031, Leon Lau đã tận mắt chứng kiến sự việc diễn ra.Lò Phản Ứng Lượng Tử, một lò phản ứng thế hệ mới để thay thế nguồn nguyên liệu thiên nhiên đang dần cạn kiệt, đã phát nổ và phóng ra một loại năng lượng bí ẩn