câu chuyện tranh chấp quyền lực, địa vị và tình yêu giữa 2 cậu con trai của Kiến Hưng Vương là Chu Thiên Bảo (Kim Ki Bum) và Chu Thiên Tường (Chu Tử Kiêu). Mối duyên Thiên Bảo – Tiểu Điệp sẽ được xây dựng theo mô-típ chuyện tình oan gia. Cả hai ban đầu đều chẳng ưa gì đối phương, hễ gặp mặt là gây gổ ầm ĩ, đấu cả võ chân tay lẫn võ mồm. Nhưng rồi, họ lại dần cảm nắng nhau lúc nào không hay.
Trước những nghi vấn dồn dập của khán giả về việc “thả câu” với Cuộc chiến chốn thâm cung 2, nhà đài TVB đã lên tiếng đập tan mọi nghi ngờ. Vấn đề được quan tâm nhất hiện nay là liệu tuyến tình yêu đồng tính giữa Đặng Tụy Văn và Thái Thiếu Phân có được đưa lên màn ảnh hay không? Đáp trả những lời “bàn ra tán vào”, TVB đã khẳng định rằng: Yếu tố tình yêu đồng tính trong Cuộc chiến chốn thâm cung 2 vẫn sẽ được giữ nguyên.Song, TVB cũng tiết lộ thêm: Chuyện tình yêu đồng tính giữa Đặng Tụy Văn và
Sở Lưu Hương lẻn vào hòang cung trộm bức tượng quan âm. Tại đây y đụng độ với 3 cha con đạo chính : Tư Không Trích Tinh, Tư Không Tinh Nhi, Tô Dung Dung. Sở Lưu Hương trộm được quan âm và tẩu thóat, còn được hòang thượng kim khẩu ngự ban là Đạo Sóai. Tư Không Trích Tinh và Tư Không Tinh Nhi bị Tiết Y Nhân cản trở rồi bị bắt giam, Tô Dung Dung được thả với điều kiện phải đi tìm bức tượng quan âm để chuộc cha và chị nuôi.
A Khí, con gái của tể tướng Diên bị Tam hoàng tử Hách Liên Trần hãm hại moi tim lấy mạng. Sau khi chết, thi thể A Khí bị ném xuống hồ, nhưng kỳ lạ là nàng không mất mạng, lần nữa tỉnh dậy ngạc nhiên phát hiện mình trở thành Lãnh Ly, con gái của Đại tướng quân Diên quốc Lãnh Thiệu.
Công Tôn Lệ (Địch Lệ Nhiệt Ba) - cháu gái của đại tướng Công Tôn Vũ. Từ nhỏ đã theo ông nội - danh tướng Công Tôn Vũ học võ. Một dịp tình cờ, cô cứu Doanh Chính (Trương Bân Bân) và trở thành người Doanh Chính thầm thương trộm nhớ. Thế nhưng, người mà Công Tôn Lệ đem lòng thương yêu lại là Kinh Kha (Lưu Sướng).