Câu chuyện diễn ra tại học viện tư thục Buou -một học viện lớn án ngự dưới chân núi Phú Sỹ linh thiêng do gia tộc Tokugawa lập nên. Học viên của trường đều là con cháu-họ hàng của các gia tộc samurai và được đào tạo -huấn luyện các kỹ năng chiến đấu và tư tưởng Mạc Phủ để phục vụ cho Đại Nhật Bản sau khi tốt nghiệp .
Tiếp tục phần một cuộc hành trình quay về cứu nguy cho quê nhà của nhân vật chính nhưng giữa đường gặp số đào hoa anh main lại cứu thêm 1 bé nữa vậy là giông tố bắc đầu nổi lên lần nữa.
Sahashi Minato chán nản vì thi rớt đại lần thứ hai, bị mẹ cắt một nửa lương, chưa một mối tình vắt vai, đang trên đường đi về nhà trọ thì bỗng nhiên trên trời rơi xuống một cô gái xinh đẹp tên Musubi đang bị hai cô gái khác truy đuổi. Sau khi trốn thoát được, cô tự nhận mình là Sekirei và đang tìm một Ashikabi. Vậy Sekirei và Ashikabi là gì và câu chuyện sẽ diễn biến như thế nào, mời các bạn theo dõi
Mở đầu câu chuyện, Takemichi 26 tuổi, là một cậu thanh niên thất nghiệp, sống tại Tokyo nhận được tin cô bạn gái duy nhất của mình từ hồi sơ trung – Hinata qua đời trong một vụ ẩu đả giữa các băng nhóm tội phạm.
Câu chuyện diễn ra trong thế giới mà cả khoa học và phép thuật đều rất phát triển, và thành phố Arkham là thủ đô phát triển mạnh về phép thuật. Tuy nhiên nó đang bị đe dọa bởi một tổ chức tội phạm được gọi là Black Lodge. Master Therion - tên phù thủy mạnh nhất là trùm của tổ chức Black lodge. Hắn ta không từ bất cứ thủ đoạn nào để đạt được mục đích của mình.