Hidan no Aria lấy bối cảnh là trường trung học Tokyo Butei, nơi đào tạo ra những thám tử được vũ trang Butei.Nhân vật chính Tohyama Kinji, sở hữu một thể trạng đặc biệt, có khả năng khởi động super mode khi bị kích thích. Anh ta cố gắng che giấu chuyện này để sống một cuộc sống bình thường, nhưng đời nó lại không được êm ả như thế sau khi anh trở thành nạn nhân của một cuộc đánh bom và gặp Aria H.Kanzaki
Mỗi 243 năm sẽ có một trận Thánh chiến giữa Athena và Hades. Hades đã gửi Spectres đến ám sát Athena. Nhóm Seiya lại một lần nữa bảo vệ Athena và Sanctuary.
Câu chuyện được bắt đầu ở một làng quê yên tĩnh, nơi đây có nhiều động vật và người chết bất thường trong một sự cố lạ đời. Để giải quyết vụ án, một người đàn ông có vẻ ngoài kì quặc tên là “Inugami” đã tới từ Tokyo để điều tra.
Cuộc sống cuả Shinozaki Mikoto - cậu học sinh lớp 10, là một chuỗi những công việc đều đặn, chán ngắt: đến trường, về nhà, đến trường và về nhà…. Cuộc đời cậu bắt đầu thay đổi khi cô bạn cậu thầm mến - Yuki Fukazawa, mời cậu vào câu lạc bộ đua xe đạp cuả trường và cậu đã từ chối với lí do không biết đi xe đạp
nói về Oozora Reiji không phải là một cậu bé lười biếng, nó chỉ là khủng khiếp không có động lực; tất cả các câu lạc bộ và các hoạt động anh tham gia không quan tâm đến anh ta cho dài. Đó là, tất nhiên, cho đến khi người bạn thân nhất của mình Yukino đưa cậu đến một arcade ngầm nơi một trò chơi thực tế ảo không thể tin được chơi