Khi câu chuyện bắt đầu, nó trông giống một kiểu “City Hunter” trong không gian, vớI chất hài được thể hiện rõ.Vash là kẻ bị truy nã, nhưng anh trông vụng về và quai quái. Còn những ngườI được cử theo sát anh cũng chả bình thường chút nào, vì Millie và Meryll không phảI dạng người thích hợp để giám sát ngườI như Vash. Khi các nhân vật dần lộ diện và hành động, trọng tâm dường như đặt vào chất hài hơn là cốt truyện nghiêm túc
Trên lục địa Cruzon, cuộc chiến giữa đế chế Krisna và quốc gia Athens đang gần kề. Người dân trên hòn đảo này có thể sử dụng quartz để thực hiện điều ước của mình. Nhưng một người không thể sử dụng quartz là Rygart Arrow. Cậu ta không phải là một phù thủy thực thụ nhưng vì thế mà cậu ta có thể điều khiển 1 golem cổ xưa, một golem bá đạo có thể chống lại cuộc xâm lăng của đội quân Athens.
Nhiệm vụ T là một hoạt động tình báo có vai trò cứu thế giới khỏi sự lụi tàn! Nhân vật chính là Negoro Botan, người được đào tạo thành Ninja từ khi còn nhỏ và được nuôi dạy như là đặc vụ tình báo giỏi nhất. Botan hợp tác cùng một đặc vụ tình báo khác, và tiếp nhận nhiệm vụ mang định mệnh toàn cầu.
Bối cảnh của “Judge End” sẽ diễn ra tại trận chiến Sekigahara, tương tự như cốt truyện phần 3 của game. Trong lịch sử Nhật Bản, thì trận chiến Sekigahara xảy ra vào năm 1600, và được coi là trận chiến quan trọng nhất và đẫm máu nhất thời kỳ Chiến Quốc giữa liên minh phương Tây và liên minh phương Đông, quyết định ai sẽ là người thống nhất Nhật Bản.
Sau cái chết của Toutaku Chuuei (Đổng Trác) và sự mất tích của Ryofu Housen (Lữ Bố) ở Season 1. tại Season 2 này Sonsaku Hakufu (Tôn Sách), cùng với Ryuubi Gentoku (Lưu Bị) sẽ chiến đấu với ma vương Sousou Moutoku (Tào Tháo), ai sẽ là người chiến thắng xem sẽ rõ