Trong một tương lai gần, một căn bệnh tên là "Cagaster" đã xuất hiện. Nó biến con người thành côn trùng. Câu chuyện bắt đầu sau 30 năm kể từ khi phát bệnh, vào năm 2125. Nó kể về cuộc phiêu lưu của Kidou chiến đấu chống lại côn trùng .
Câu chuyện kể về Train Heartnet, một sát thủ trứ danh với biệt danh Mèo Đen. Train Heartnet được biết đến như một kẻ khủng khiếp nhất trong giới tội phạm quốc tế, được coi là thần chết, không có kẻ nào là nạn nhân của cậu mà còn sống sót. Cậu luôn mang trong người một khẩu súng lục đen cũng có tên là thần chết (Hades - thần cai quản địa ngục), được kí hiệu XIII (thành viên thứ XIII của tổ chức Chronos). Để chứng tỏ điều đó, cậu đã xăm dấu XIII nơi gần cổ của mình (kí hiệu ấy giống như khẩu súng
Câu chuyện kể về Sarasa, một cô gái mồ côi vừa tốt nghiệp trường đào tạo giả kim thuật của hoàng gia. Sau khi nhận được một cửa hàng biệt lập như phần thưởng từ giáo viên của mình, cô bắt đầu cuộc sống nhàn nhã mà bản thân đã mơ ước từ lâu với tư cách là một nhà giả kim.
rong một tương lai để nhân loại thích một thời đại mới của sự thịnh vượng nhờ phát minh của Dr. Shizuma về một nguồn năng lượng tái tạo mang tính cách mạng: Shizuma Drive. Nhưng sự bình an này bị Big Fire đe doạ, một thế lực cướp bóc tìm kiếm thế giới
Vào giữa thế kỉ 21, động đất và ảnh hưởng của sự nóng lên toàn cầu đã phá hủy Nhật Bản. Đất nước này đã trở thành một khu rừng lớn nhất thế giới để hấp thụ CO2 do thứ thuế carbon cản trở sự phục hồi của nó. Một số người sống cuộc sống sung túc trong dự án thành phố Atlas, trong khi số còn lại ở bên ngoài với nền kinh tế lạc hậu. Trước sự bất công xã hội càng lúc gay gắt, Kuniko phải dẫn dắt người dân của cô ấy đến Atlas. Thế nhưng ẩn bên trong miền đất hứa Atlas này là gì.