Star Trek Into Darkness có nội dung xoay quanh Thuyền trưởng James T. Kirk và phi hành đoàn của tàu Enterprise, những người được giao nhiệm vụ truy lùng và bắt giữ một kẻ có vũ khí hủy diệt hàng loạt. Nhưng sau khi hoàn thành nhiệm vụ này, những gì diễn ra sau đó lại vượt quá sự tưởng tượng của họ.
William Danville nhà vật lý năng lượng hàng đầu của Mỹ, nghiên cứu dự án về năng lượng phục vụ nhân loại, nhưng Lầu Năm Góc muốn sử dụng vào mục đích quân sự, nhưng ông cương quyết bác bỏ và bị tống giam vào tù. Dự án tiếp tục được triển khai, dưới áp lực và thiếu năng lực của Bộ trưởng Quốc phòng, ông đã cho thử nghiệm quá sớm đã gây nên một cơn địa chấn kinh hoàng khắp toàn cầu, một luồng plasma từ mặt trời phóng xuống đốt cháy, phá hủy tất cả mọi vật trên trái đất, đất đai đồi núi sụp lở,
Bệnh viện tâm thần nay lại trở thành nhà giam đáng sợ. Cô gái xinh đẹp bỗng bị bắt cóc, giam giữ tại nơi đây muốn tìm mọi cách thoát ra. T-bag lại đảm đương "kẻ ác" trong vai viện trưởng viện thần kinh ác quỷ. Những tình thế hack não sắp sửa xuất hiện.
Một cậu bé biết rằng một siêu anh hùng được cho là đã mất tích sau một trận chiến kinh thiên động địa hai mươi năm trước trên thực tế có thể vẫn còn ở đây.
Năm 2073, Tòa Án Quân Sự cử một cựu chiến binh Jack Harper (Tom Cruise) trở lại Trái Đất, nhận nhiệm vụ sửa chữa máy bay không người lái. Trái Đất lúc bấy giờ gần như đã bị hủy hoại hoàn toàn bởi một cuộc xâm lược của người ngoài hành tinh từ 60 năm trước. Và rồi tính mạng của Jack trở nên nguy hiểm khi anh vô tình cứu được một cô gái trong một tai nạn tàu vũ trụ.