Câu chuyện diễn ra tại học viện tư thục Buou -một học viện lớn án ngự dưới chân núi Phú Sỹ linh thiêng do gia tộc Tokugawa lập nên. Học viên của trường đều là con cháu-họ hàng của các gia tộc samurai và được đào tạo -huấn luyện các kỹ năng chiến đấu và tư tưởng Mạc Phủ để phục vụ cho Đại Nhật Bản sau khi tốt nghiệp .
300 năm sau khi kết thúc chiến tranh ở Calamity.Những quyền năng cai trị Sphere Trái đất đã bị lật đổ, nhường chỗ cho những người cai trị mới của một thế giới mới sau trận chiến.
Captain Tsubasa là một câu chuyện đầy nhiệt huyết về cậu bé tiểu học, người luôn có những ước mơ và suy nghĩ liên quan tới tình yêu bóng đá.
Đã từ rất lâu, quốc gia này bị vây quanh bởi Đế Quốc Giadian, nơi chế tạo những drone được gọi là Legion. Sau nhiều năm nghiên cứu, Cộng Hòa đã chế tạo thành công những drone tự động, biến trận chiến 1 chiều thành cuộc chiến không thương vong—hoặc ít nhất thì đó là những gì chính quyền tự nhận.
Năm U.C 0087, 7 năm sau One Year War. Titan, một tổ chức tập trung tất cả tinh túy của Earth Federation được thành lập nhằm tiêu diệt những thế lực chống đối. Tuy nhiên Titan sớm trở nên mất kiểm soát, thi hành những chính sách tàn bạo với cả Trái Đất và không gian. Để chống lại Titan, những người dân bất mãn, thành viên cũ của Zeon và cả những người lính Federation tập hợp lại và thành lập tổ chức Anti-Earth Union Group hay AEUG. Một cuộc chiến mới đã bắt đầu.