Câu chuyện xoay quanh nữ sinh trung học Shio Ogura đến thăm Đài Loan trong một chuyến dã ngoại của trường, và bất ngờ bị những quái vật mang tên "Evolved Invaders" tấn công. Quân đội không có cách nào chống lại chúng, nhưng giữa lúc hoang mang, những đặc vụ E-Gene Holder bí ẩn thuộc cơ quan chính phủ DOGOO xuất hiện.
Tuy bộ anime này cũng tên là Lupin đấy, nhưng nhân vật chính không phải là Lupin mà là một con người đặc biệt khác. Đó là nàng thơ của Lupin Đệ Tam: Mine Fujiko.
Vào 30 năm trước, một hiện tượng kinh hoàng đã xảy ra thiêu rụi hơn một nửa thế giới, và tạo ra một chủng người đột biến gọi là Burnish. Burnish là một chủng loài có khả năng tạo ra và điều khiển lửa. Bởi ngọn lửa ấy, chúng đốt cháy khắp nơi trên địa cầu. Câu chuyện theo bước chân của Galo và đội Burning Rescue trong trận chiến đối đầu với Burnish.
Takumi Fujiwara là một cậu bé 18 tuổi đi học, Sau giờ học, Cậu làm việc tại một trạm xăng để có được một số tiền, Khi đêm đến,Takumi giúp cha mình bằng cách cung cấp đậu hũ đến bốn giờbuổi sáng, cậu mang đến cho các hàng hoá tới một khách sạn nằm trênđỉnh núi Akina, Ngài thực hiện điều này mỗi ngày từ thứ hai đến thứsáu kể từ khi cậu được 13
Vào thời chiến quốc Nhật Bản, đôi chị em Towa và Setsuna bị chia cắt bởi một cuộc cháy rừng. Trong lúc tìm em gái, Towa bị vô tình du hành tới thế giới hiện đại nơi cô được gia đình của Kagome nuôi dạy.