Cốt truyện xảy ra vào 10 năm sau của Yu-Gi-Oh phần đầu. Lúc này Yugi Muto đã trở thành một tượng đài bất diệt trong làng bài ma thuật. Nhân vật chính của series là Yuki Judai, một thiếu niên đam mê bài ma thuật quyết tâm trở thành Vua đấu bài. Cậu tham dự kỳ thi tuyển vào học viện đào tạo bài thủ Duel Academy và được xếp vào nhà Osiris Red.
Một cuộc đại chiến đã nổ ra trong nhiều năm giữa phe Empire và phe Nebulis, thuở là vương quốc của những nữ pháp sư- cho đến khi các hiệp sĩ trẻ tuổi nhận được danh hiệu mạnh nhất từ phe Empire để gặp gỡ công chúa của phe đối thủ
Vào một ngày định mệnh, toàn thể nhân loại đã bị hoá thành đá bởi một tia sáng kì lạ. Nhiều thiên niên kỷ trôi qua, cậu học sinh trung học Taiju đã thức tỉnh, đập vỡ lớp đá kia và bước ra khỏi thế giới bên ngoài. Trước mắt cậu là hàng loạt những pho tượng đá của nhiều người. Tuy nhiên, cậu không một mình
Misumi Makoto vốn chỉ là một học sinh trung học bình thường, giỏi bắn cung và đam mê phim lịch sử. Nhưng rồi một ngày kia khi cậu tỉnh lại, thì bỗng phát hiện ra mình đang ở một nơi kỳ quái không để đâu cho hết! Một thế giới xa lạ, một nơi thậm chí còn không thuộc về Trái Đất?
Tại Hokkaido, vùng đất phương Bắc của Nhật, Sugimoto đã sống sót qua chiến tranh Nga-Nhật thời Meiji. Được mệnh danh là "Sugimoto Bất Khả Chiến Bại" trong thời chiến, anh giờ tìm kiếm sự giàu để có thể cứu được người vợ của bằng hữu trong chiến tranh-người giờ đã chết.