Thằng nhãi tóc vàng Reinhard von Lohengramm, một tài năng quân sự trẻ tuổi và là một đô đốc của Đế Chế Thiên Hà có những tham vọng hơn cả việc bảo vệ lãnh thổ và đánh bại quân thù. Anh ta muốn lật đổ thể chế cũ và trở thành một nhà độc tài chuyên chế vì dân.
nói về Gabimaru, từng được tôn vinh là ninja mạnh nhất, nhưng hiện tại đã bỏ nghề, vì phạm luật của làng mình. Sau khi bị bắt, anh tuyên bố rằng mình không còn gì để sống.
Thảm kịch "Bloody Valentine" đã leo thang thành một cuộc chiến giữa Liên Minh Trái Đất và ZAFT. Cuộc chiến ngày càng trở nên nghiêm trọng. Khiến rất nhiều sinh mạng phải hy sinh, họ đã đạt được thỏa thuận ngừng bắn sau cuộc chiến thứ hai ở Yakin Do. Tuy nhiên, thỏa thuận ngừng bắn đã không hoàn toàn khắc phục được xung đột giữa Naturals và Coordinators.Trong suốt cuộc chiến, Shinn Asuka đã tham gia vào Liên Minh Trái Đất để thâm nhập vào Orb. Trong lúc thoát khỏi đám cháy, cậu ta đã mất cha mẹ
Năm 2040, tình trạng ô nhiễm liên tục và hàng loạt trận động đất bí ẩn đã khiến thành phố Tokyo bị hủy hoại. Một thanh niên tên Ken Ando đang được đào tạo để trở thành thành viên của DC, một tổ chức bán quân sự được thiết kế để điều tra và bảo vệ môi trường sụp đổ.
Sora Kuroi sống một cuộc sống yên bình mặc dù không có ký ức về quá khứ của mình. Nhưng một ngày, thành phố của anh đột nhiên bị tấn công bởi một cỗ máy khổng lồ được gọi là "Vũ khí Nebula". Cùng với Thầy giống mèo và cô gái lolita gothic Ginko, anh ta bị kéo vào cuộc chiến, nhưng anh ta kết thúc với kẻ thù của bảy anh hùng đang làm việc để bảo vệ thành phố. Lý do chiến đấu của Soya bị khóa chặt trong ký ức của anh là gì?